时至今日，城市房屋拆迁制度最高法律依据仍是国务院的行政法规，但随着今年通过的《行政许可法》生效日期的临近，该制度将面临《行政许可法》的上位法拷问，特别是《行政许可法》有关行政许可设定原则的规定，对国务院通过行政法规设定该制度的合法性将产生根本性的冲击。
根据国务院《城市房屋拆迁管理条例》第六条规定：拆迁房屋的单位取得拆迁许可证后，方可实施拆迁。城市房屋拆迁制度的重心即在于城市房屋拆迁许可的发放，拆迁人一旦取得城市房屋拆迁许可，许可范围的房屋被拆除势在必行，即使提起行政诉讼也不可阻挡，因为根据诉讼不停止执行的行政诉讼法规定，非法拆迁许可也会产生被拆迁人行政诉讼胜诉却可能面临房屋已被拆除的后果，至于拆迁补偿及拆迁程序的争执只是问题之末。因此，探讨城市房屋拆迁制度存废问题的根本点在于国务院通过行政法规设定拆迁许可的合法性问题。
《行政许可法》的目的在于“保护公民、法人和其他组织的合法权益，维护公共利益和社会秩序，保障和监督行政机关有效实施行政管理”，而实现这一目的的途径主要通过“规范行政许可的设定与实施”予以实现，这是该法第一条所确认的精神。因此，国务院通过行政法规设定“拆迁许可” 应受到该法约束。
根据《行政许可法》第十二条有关行政许可设定范围的规定，我们可以看出，国务院行政法规有权设定的行政许可，该条第六款规定：“根据法律、行政法规可以设定行政许可的其他事项”，也就是说除了该第十二条前五款可以设定行政许可事项外 ，设定行政许可的事项范围也可由法律及行政法规制定者确定。该法赋予了国务院设定类似城市房屋拆迁许可的立法权限，因此在这一层面城市房屋拆迁制度并未面临根本性质疑。但是，《行政许可法》作为政府与市场、政府与公民关系重新定位的一部重要法律 ，在行政许可设定问题上并未局限于合法性原则，而是基于政府与市场关系中市场机制处于基础地位的立法价值取向，开创性地规定了法律、行政法规设定行政许可的必要性原则 ，即该法第十三条所规定的内容。 因此，国务院《城市房屋拆迁管理条例》有关拆迁许可设定面临着《行政许可法》第十三条规定的根本性否定。
国务院《城市房屋拆迁管理条例》对于城市房屋拆迁制度的宪法及法律依据均未交待，在其第三条关于该制度的目的规定也语焉不详，所谓的“城市房屋拆迁必须符合城市规划，有利于城市旧区改造和生态环境改善，保护文物古迹”未交待城市房屋拆迁应基于什么目的。不管是商业开发还是城市改造目的申请拆迁许可，都为行政机关发放拆迁许可留下了太大的空间，为市场主体如房地产开发商实行商业开发申请城市房屋拆迁许可大开方便之门。《行政许可法》第十三条有关市场竞争机制可以有效调节的可以不设定行政许可的规定，实质上对出于商业开发目的申请拆迁许可的情况予以否定性的目的限制。从事房地产开发的开发商需要拆除旧有城市房屋并不是不能通过市场方式予以解决，而实际上这也只能是开发商与居民之间的自愿选择才能达致的利益平衡。政府不能通过发放拆迁许可方式代替市场主体的选择，尤其是对城市居民而言，其房屋不仅是其拥有的大宗财产，更是其赖以生息的家园，该房屋不能仅仅以金钱予以衡量，更应以居民以该房屋为基础的生存状态的价值衡量为准，这只能是城市居民在开发商提供的条件下的自愿选择，政府不能也不可能代替城市居民的作出判断。
如果是出于旧城改造、城市基础设施建设等非商业开发的考虑需要拆除旧有城市房屋，是否政府只能采取拆迁许可方式进行呢？答案是否定的。市场经济条件下，政府处理其与公民之间的关系应该首选取市场手段，如果市场手段无法解决，政府才能采取带有强制性质的行政手段如拆迁许可方式。这也是《行政许可法》第十三条也要表达的核心理念，或者说是《行政许可法》所规定的行政许可设定的基本原则，任何法律、行政法规设定行政许可均应遵从这一原则。
当前，许多城市出于“经营城市”目的，为了筹集城市建设资金采取低价拆房、高价卖地的土地储备制度不仅违反了《行政许可法》规定的必要性原则，更是与政府自身定位有着本质的悖离。 因为政府行为不应有自身利益，只能基于公共利益。基于公共利益如城市建设的需要拆除城市房屋，也不能通过让被拆迁人承担损失方式予以实现。被拆迁人也是公共利益的受益者，所谓的公共利益不能是虚幻的，要具体落实在每一人身上。因此，基于所谓的土地储备需要对城市房屋实施拆迁也不具备合法性。
